Az NCIS a tengerészeti helyszínelők elit csapata, amely a haditengerészethez köthető bűncselekmények után nyomoz Leroy Jethro Gibbs, különleges ügynök vezetésével, aki valaha maga is a tengerészetnél szolgált. Gibbs éles eszű nyomozó, aki a bizonyítékok mellett megérzéseit is sikerrel használja az ügyek megoldásában. Csapatában dolgozik Tony DiNozzo ügynök, a nőfaló mókamester a baltimore-i gyilkossági csoporttól; Kate Todd, az elnök egykori testőre;  Ziva David, a Moszad összekötő tisztje; Timothy McGee, az info-zseni ügynök valamint Abby Sciuto, a briliáns laboros gót lány, aki szokatlan stílusa ellenére Gibbs kedvelt munkatársa, továbbá Dr. Donald (Ducky) Mallard, kórboncnok, a rejtélyes halálesetek specialistája.